هیچ روش شناخته شده ای برای طبقه بندی رنگدانه ها وجود ندارد. دلیل آن این است که انواع زیادی از رنگدانه ها وجود دارد، ترکیب شیمیایی بسیار متفاوت است، و استفاده های مختلف است. بنابراین کدام روش برای طبقه بندی ایده آل نیست.
روش طبقه بندی رایج تر تقسیم رنگدانه ها به رنگدانه های غیر آلی و رنگدانه های آلی با توجه به ترکیب شیمیایی آن ها است. از نظر عملکرد، رنگدانه های معدنی دارای سبکی خوب، مقاومت در برابر حرارت، و قدرت پنهان شدن قوی هستند، اما کروماتوگرام چندان کامل نیست، قدرت رنگ آمیزی کم است، روشنایی رنگ ضعیف است و برخی نمک ها و اکسیدهای فلزی سمی تر هستند. رنگدانه های آلی دارای ساختارهای متنوع، کروماتوگرام های کامل، سایه های روشن و خالص، و قدرت رنگ آمیزی قوی هستند، اما مقاومت نور ضعیف، مقاومت آب و هوا و پایداری شیمیایی دارند و گران تر هستند.
رنگدانه های فلورسنت به رنگدانه های فلورسنت غیر آلی (مانند رنگدانه های فلورسنت مورد استفاده در لامپ های فلورسنت و جوهرهای فلورسنت ضد جعل) و رنگدانه های فلورسنت آلی (که با نام رنگدانه های فلورسنت نور روز نیز شناخته می شوند) تقسیم می شوند: تنها موادی با ساختارهای شیمیایی خاص می توانند خواص فلورسنت داشته باشند. با این حال، خود این رنگ کننده های فلورسنت اغلب کمبودهای ذاتی در مقاومت نور و مقاومت حلال دارند. یکی از راه های غلبه بر این کمبودهای ذاتی، فیوز کردن آن ها در چارچوب مواد پلیمری از طریق روش های شیمیایی یا فیزیکی، و سپس پردازش بیشتر آن ها به رنگدانه ها است. ماده پلیمری مورد استفاده برای این منظور نه تنها به عنوان یک حلال برای رنگ کننده فلورسنت عمل می کند، بلکه حفاظتی را برای رنگ کننده فلورسنت فراهم می کند و در نتیجه به رنگ کننده فلورسنت مقاومت نور بهتر و مقاومت حلال می دهد.
